中國科學(xué)院水生生物研究所（以下簡稱水生所）是國內(nèi)唯一從事內(nèi)陸水體生命過程、生態(tài)環(huán)境保護與生物資源利用研究的綜合性學(xué)術(shù)研究機構(gòu)，其前身是1930年1月在南京成立的國立中央研究院自然歷史博物館，1934年7月改組為中央研究院動植物研究所，1944年5月又分建成動物研究所和植物研究所。中國科學(xué)院成立后，于1950年2月將原中央研究院動物所、北平研究院動物學(xué)研究所、原中央研究院植物研究所藻類部門合并，組建水生所，所址上海。1954年9月遷至武漢。2001年進入院知識創(chuàng)新工程試點序列。2011年整體進入院“創(chuàng)新2020”試點工程。2015年率先進入特色研究所，2018年通過驗收，正式進入運行階段。
水生所戰(zhàn)略定位和發(fā)展目標是，面向國家在水生態(tài)環(huán)境保護、水生生物資源利用等方面的重大戰(zhàn)略需求，開展基礎(chǔ)性、戰(zhàn)略性和前瞻性重大科技問題，著力重大理論創(chuàng)新和核心技術(shù)突破。在淡水生態(tài)環(huán)境保護、水生生物多樣性形成與適應(yīng)性演化機制、水生生物資源保護、魚類基礎(chǔ)生物學(xué)和遺傳育種理論、淡水漁業(yè)模式和微藻生物技術(shù)等領(lǐng)域繼續(xù)發(fā)揮引領(lǐng)作用。
水生所先后擁有15位中國科學(xué)院院士。全所現(xiàn)有在職職工343人，其中科技人員202人，中國科學(xué)院院士5人，發(fā)展中國家科學(xué)院院士3人，研究員及正高職稱人員88人，副研究員及副高職稱人員108人。
目前水生所設(shè)有水生生物多樣性與水生態(tài)環(huán)境保護研究中心、水產(chǎn)種質(zhì)創(chuàng)新與未來漁業(yè)發(fā)展研究中心、藻類與生物制造研究中心等3個研究中心；擁有淡水生態(tài)與生物技術(shù)國家重點實驗室（水產(chǎn)品種創(chuàng)制與高效養(yǎng)殖重點實驗室、湖泊與流域水安全重點實驗室）、國家淡水漁業(yè)工程技術(shù)研究中心、國家水生生物種質(zhì)資源庫、湖泊水污染治理與生態(tài)修復(fù)技術(shù)國家工程實驗室等國家級平臺；擁有農(nóng)業(yè)農(nóng)村部淡水養(yǎng)殖病害防治重點實驗室、院藻類生物學(xué)重點實驗室、農(nóng)業(yè)農(nóng)村部鯽魚遺傳育種中心、湖北省水體生態(tài)工程技術(shù)研究中心、湖北省稻田綜合養(yǎng)殖工程技術(shù)研究中心、湖北省水生植物資源與利用工程技術(shù)研究中心、湖北省水產(chǎn)動物營養(yǎng)與飼料工程技術(shù)研究中心、湖北省淡水漁業(yè)技術(shù)創(chuàng)新中心等8個省部級實驗室及研究中心；擁有湖北東湖湖泊生態(tài)系統(tǒng)國家野外科學(xué)觀測研究站、三峽水庫香溪河生態(tài)系統(tǒng)試驗站、中國科學(xué)院長江上游珍稀特有魚類保護及赤水河河流生態(tài)觀測試驗站、中國科學(xué)院青海湖綜合觀測研究站（共建）、南水北調(diào)東線湖泊生態(tài)系統(tǒng)湖北省野外科學(xué)觀測研究站等5個野外臺站；擁有亞洲最大的淡水魚類博物館和淡水藻種庫，世界上唯一以鯨類動物保護和研究為目的的水族館——白鱀豚館，及分析測試中心平臺、水生生物大數(shù)據(jù)中心。
水生所自成立以來共有200項成果獲得獎勵，出版著作165部，發(fā)表論文8301篇。近年來，本所科學(xué)家領(lǐng)銜主持了一大批包括國家重大科技專項、國家重點研發(fā)計劃項目、國家基礎(chǔ)性專項、國家自然科學(xué)基金、中國科學(xué)院先導(dǎo)專項、地方及大型企業(yè)等各類項目經(jīng)費支持，形成一批在理論上有重大突破或在應(yīng)用上有廣闊前景的研究成果。近5年來，我所發(fā)表論文2183篇，其中SCI收錄1385篇。申請專利204項，獲得授權(quán)107項，出版著作11部，獲得省部級以上獎勵6項，桂建芳院士獲得2015年湖北省科學(xué)技術(shù)突出貢獻獎。一些重要技術(shù)創(chuàng)新或技術(shù)集成獲得成功并在應(yīng)用中日臻成熟，對于我國水環(huán)境保護和漁業(yè)可持續(xù)發(fā)展起到了顯著的推動作用。這些科研產(chǎn)出，在魚類分子系統(tǒng)發(fā)育和進化、藻類生物學(xué)研究、魚類遺傳育種學(xué)、淡水生態(tài)學(xué)、水環(huán)境工程學(xué)和保護生物學(xué)等方面回答了一系列前沿科學(xué)問題，滿足了國家在水污染治理和發(fā)展生態(tài)漁業(yè)方面的重大需求，取得了重大經(jīng)濟效益，產(chǎn)生了廣泛的社會影響。
水生所注重發(fā)揮水生生物學(xué)科技“國家隊”的作用，積極促進地方科技事業(yè)，參與地方經(jīng)濟建設(shè)，取得了一系列成績。以國家淡水漁業(yè)工程技術(shù)研究中心（武漢）、農(nóng)業(yè)農(nóng)村部鯽魚遺傳育種中心為依托，促進了漁業(yè)模式和環(huán)保飼料等成果轉(zhuǎn)化，指導(dǎo)建設(shè)了一大批國家級和省級的水產(chǎn)原良種場。以湖北省和武漢市水環(huán)境工程技術(shù)研究中心為依托，推動了我所一批水環(huán)境治理方面的核心技術(shù)向全國輻射和轉(zhuǎn)化。主持培育的高產(chǎn)優(yōu)質(zhì)鳙新品種“中科佳鳙1號”、合作培育的全雌翹嘴鱖新品種“武農(nóng)1號” 和全雄雜交鱧“雄鱧1號”均獲2022年全國水產(chǎn)原種和良種審定委員會認證的水產(chǎn)新品種。
水生所對外合作與交流活動頻繁。近10年來，先后派出科技人員近800人次到近30個國家和地區(qū)進行合作研究、進修或短期訪問，同時接待了來自近40個國家和地區(qū)的專家2200多人次進行學(xué)術(shù)交流、合作或進修。研究所作為核心成員加入大的國際合作研究計劃，如美國的“Tree of Life”研究計劃，還發(fā)起和引領(lǐng)多邊國際合作，如淡水豚類聯(lián)合調(diào)查項目、主辦“水環(huán)境保護與水污染治理”國際培訓(xùn)班，“海峽兩岸人工濕地研討會”、“第十屆世界華人魚蝦營養(yǎng)學(xué)術(shù)研討會”、“第七屆亞太藻類論壇”等。
2022年11月5日至13日，《濕地公約》第十四屆締約方大會（COP14）在中國武漢開幕。期間，由武漢市園林和林業(yè)局主辦、水生所等承辦的COP14東道國系列活動之——“共建生命長江，傳承大河文明”主題邊會于8日召開。作為COP14最大的邊會，與會專家共同交流和討論長江大保護的研究與保護進展，分享經(jīng)驗做法，講述國際大河流域水生生物資源保護的中國故事。會議還發(fā)布了由長江“十年禁漁”首倡者、中國科學(xué)院院士曹文宣領(lǐng)銜的“全民參與長江大保護”倡議書。
水生所是國務(wù)院學(xué)位委員會批準的首批博士、碩士學(xué)位授予權(quán)單位，設(shè)有水生生物學(xué)、遺傳學(xué)、環(huán)境科學(xué)、水產(chǎn)養(yǎng)殖學(xué)、海洋生物學(xué)等5個二級學(xué)科博士研究生培養(yǎng)點；動物學(xué)、水生生物學(xué)、遺傳學(xué)、環(huán)境科學(xué)、環(huán)境工程學(xué)、水產(chǎn)養(yǎng)殖等6個二級學(xué)科碩士研究生培養(yǎng)點；生物與醫(yī)藥、資源與環(huán)境2個工程碩士研究生培養(yǎng)點；設(shè)有生物學(xué)、環(huán)境科學(xué)與工程、水產(chǎn)學(xué)3個專業(yè)博士后流動站。在學(xué)研究生581人（碩士生274人，博士生307人），在站博士后112人。
主辦的中文核心、中國科技核心期刊《水生生物學(xué)報》連續(xù)被評為中國精品科技期刊、湖北省優(yōu)秀期刊，入選《中國學(xué)術(shù)期刊影響因子年報》Q1區(qū)期刊。2022年由雙月刊改為月刊，開設(shè)“十年禁漁”、“人工濕地”等特色專欄。Water Biology and Security創(chuàng)刊，季刊，被DOAJ、Scopus等數(shù)據(jù)庫收錄，入選2022年度中國科技期刊卓越行動計劃高起點新刊項目。
